澎湖航空站自民國46年（1957）起由民航空運公司以C－46型開始營運，早期大都以載運政府軍方人員物質運送為大宗，班次較少。民國55年開始興建航站大廈，規模也只有幾間候機室，隸屬於高雄航空站管轄。
澎湖航空站於民國66年8月1日正式成立馬公航空站， 屬於丙種航空站的規模，逐漸對外開始開放民間航空公司加入營運航線。由於國內民眾往返次數逐年增加，於是航空公司陸續加入陣營，又於民國80年5月11日接七美、望安兩離島機場，成立七美、望安輔助站。由於澎湖地區對外運輸駐要仰賴空運，加上觀光旅遊蓬勃發展，迄民國83年馬公機場全年營運量已達179萬餘人次。基於長期發展需要，民航局於舊航站區西南側新購土地約11公頃，籌劃航空站擴建計畫。
民國82年1月18日提升為乙種航空站， 航站大廈的整修已分期陸續完成。民國92年5月28日「交通部民用航空局所屬航空站組織通則」制定公布，同年月30日生效改制為乙等航空站，七美、望安輔助站改制為丁等航空站， 由馬公航空站督導其業務。民國112年6月7日「交通部民用航空局組織法」制定公布，同年9月15日生效馬公航空站、七美航空站、望安航空站整併為澎湖航空站，統轄澎湖、七美、望安機場。
澎湖航空站原有航廈為地上兩層建築物，樓地板面積僅5,086平方公尺，新建之航站大廈以年旅客量440萬人次為設計容量，為地下一層地上三層建築物，樓地板面積達44,048平方公尺，樓高18.45公尺，空間甚為寬敞舒適。另配置空橋（三座）、飛航資訊顯示系統、電梯及電枎梯、行李輸送系統等新穎設備，又設置可提供A-321型(含)以下飛機使用之停機坪九機位。
新建航站大廈於一樓設置島型報到櫃檯4座（計32個報到線），每座並配置行李輸送系統，搭機旅客於報到託運行李後，可搭乘電扶梯到達二樓，通過航警安檢至候機室候機，搭大型機者經由空橋登機；搭中、小型機者乘電扶梯下至一樓經由風雨走廊登機，旅客可免受日曬雨淋。到站旅客搭大型機者，下機經空橋到二樓乘電扶梯下至一樓行李提取區，提取行李後離開；搭乘中小型機者，下機經風雨走廊逕至行李提取區，提取行李後離開，旅客動線順暢便捷。又為提昇服務水準並因應澎湖地區觀光旅客多項需求，於航廈內設有一般商店、免稅商店、特產商店及餐廳等多處，並設有保險、旅遊諮詢、租車、行李置物櫃等服務性設施。
澎湖機場民航站區擴建工程於91.9.27完工啟用，提昇了澎湖居民對外空中運輸之品質，未來配合澎湖縣各項觀光活動之推廣，可提供旅客現代化空中運輸門戶，舒適寬敞的航廈空間，為澎湖地區對外空中交通建設開啟新紀元。
本站於航站大廈中間入境處設有服務台，提供一般業務答詢、觀光旅遊諮詢、兌換硬幣服務、廣播尋人服務、行動不便者搭機協助、育嬰室設備提供等多項服務。
|
